La historia de Charanku se remonta al año 2001 cuando el coreógrafo Mauricio Barahona le encarga a Italo Pedrotti la música para su obra "Fotodanza". La idea era incluir una pieza musical compuesta para un ensamble de charangos dentro de una estética "delirante", como la definió el propio coreógrafo.

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Surge entonces la obra "Cuatro jinetes" y con ello la idea de seguir desarrollando este concepto musical. En el año 2002 Pedrotti obtiene el financiamiento de la Fundación Andes para componer música experimental con charangos y surgen piezas electracústicas y otras que luego se adaptarían al actual formato de Charanku.

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Desde entonces se ha ido definiendo una sonoridad en la que los charangos juegan un rol preponderante dentro de un marco de búsqueda tímbrica poco explorado hasta ahora. El primer concierto del entonces denominado "Charango Ensamble" se realizó en el Goethe Institut en el III Festival Internacional Entrecuerdas del año 2002.

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El 2003 la agrupación participa en una gira por distintas ciudades del sur de Chile financiada por Fondart con el espectáculo titulado "La Gran Noche del Charango" que incluía a diversos charanguistas y que recogía fundamentalmente el trabajo musical registrado en el disco colectivo "Charango Autores Chilenos" (Fondart-Warner).

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En el año 2004 el "Charango Ensamble" participa en el programa de televisión "Tierra Adentro" de canal 13 en el marco de un reportaje dedicado a las propuestas musicales inspiradas en la música de raíz folklórica chilena.

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El 2005 son invitados al segundo festival internacional de charango peruano realizado en las ciudades de Arequipa y Puno.

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A comienzos del 2006 Italo Pedrotti se retira del grupo Entrama, agrupación que junto a otros cinco musicos fundara en el año 1997 y con la que grabó tres producciones discográficas. Durante el transcurso del 2006 se decide entonces poner real energía al proyecto y tener una frecuencia mayor de presentaciones, algunas de las cuales realizaron con el nombre de Ascotán/Charango Ensamble.

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Diversos integrantes han contribuido a la historia de la banda: Daniel Delgado en guitarra acústica, Marcello Martínez en bajo eléctrico, Braulio Espinoza y Juan Cristóbal Maza en charangos. Actualmente el grupo lo conforman Italo Pedrotti en charango y guitarra acústica, Patricio Lisboa en guitarra eléctrica y contrabajo, Marcelo Arenas en batería, Felipe Conejero en bajo eléctrico, Carlos Vera en ronroco y piano y José Luis Delpiano en charango.

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El 2007 Charanku es beneficiado con el Fondo para el Desarrollo de la Cultura y Las Artes del Ministerio de Educación con el que producirán su primer disco.